Los nuevos programas de inocuidad alimentaria a nivel mundial han prohibido o restringido el uso de muchos plaguicidas sintéticos que en décadas anteriores constituían el eje de la protección vegetal. Debido a esto se encuentran en ejecución varios proyectos de investigación que tienen por objetivo la búsqueda de nuevas alternativas de control de origen natural que sean más amigables con el ambiente. Entre estos métodos se encuentran el uso de microrganismos, hongos entomopatógenos y extractos y aceites esenciales de plantas nativas tanto para el control de plagas como de enfermedades.

Las exigencias de los principales mercados de los productos agrícolas por alimentos de mayor valor nutricional, ha permitido que el Departamento de Producción Vegetal continúe desarrollando la línea de investigación sobre calidad nutrimental y funcional en plantas cultivadas orientado hacia los alimentos funcionales. Esta línea consiste en la caracterización sobre los ingredientes activos como lo son los antioxidantes y otras moléculas de interés  asociándolas al manejo agronómico y los factores abióticos involucrados durante el desarrollo y crecimiento de las plantas.  Se destacan los trabajos realizados con plantas medicinales, aquellos relacionados a la flora nativa y el área de las  hortalizas y berries.

La privilegiada ubicación geográfica de la octava región permite realizar investigación en especies frutales que también se dan en zonas más templadas del país, posicionando al Departamento de Producción Vegetal como líder en el área de la producción de frutas para exportación y vinos finos en zonas frías. Junto a esto se trabaja específicamente en la adaptación de nuevas especies productivas y la solución de problemas fisiológicos que limitan la producción de los agricultores.

La región del Biobío se encuentra en una zona de transición geográfica lo cual permite tener un mosaico de prácticamente la totalidad de los cultivos que se producen en el país. Por esto, una de los principales objetivos es la optimización de los sistemas productivos buscando soluciones a las diferentes problemáticas de los agricultores, que redunden en la obtención de un mayor rédito. Además, también se incluye la búsqueda de nuevas alternativas productivas que amplíen las opciones disponibles a los agricultores.