Los inicios de la carrera de Agronomía en la Universidad de Concepción, se remontan al 5 de julio de 1954, día en que el Consejo Superior de la Universidad, aprobó la idea de fundar la Facultad de Agronomía y Ganadería. El 17 de noviembre del mismo año, el directorio de la Universidad de Concepción aprobó este proyecto y nombró como primer decano al Ingeniero Agrónomo Sr. José Suárez Fanjul y como Director de la Escuela de Agronomía al Ingeniero Agrónomo Sr. Pedro Casals Morales.

Las clases del primer curso se iniciaron en abril de 1955, en el Campus Concepción, en donde los alumnos cursaban los dos primeros años para posteriormente continuar sus estudios en Chillán, en las instalaciones que le fueran traspasadas a la Universidad de Concepción por un convenio suscrito por el Ministerio de Agricultura, Punto IV y la Universidad. Estas dependencias incluyeron un predio de 96 hectáreas de la ex Escuela Agrícola de Chillán y que hoy constituye el Campus Chillán de la Universidad de Concepción con su Estación Experimental El Nogal, el cual desde 1969 imparte todos los cursos de la carrera de Agronomía.

El 2 de Agosto de 1956, el Consejo Universitario aprobó el primer plan de estudios de la carrera y el 8 de agosto de ese mismo año, por acuerdo del Consejo de Facultad se acordó formar los departamentos de Fitotecnia, Suelos y Ganadería, base de la actual estructura administrativa de la Facultad. Posteriormente el 24 de junio de 1957, el Consejo de Facultad decidió aumentar a cinco los departamentos, incorporando Riego al departamento de Suelos y creando los departamentos de Mecanización Agrícola y de Economía y Administración.

Luego de la aprobación por parte del Consejo Académico de la Universidad; a partir de 2013 se imparte también la carrera de Agronomía en el campus Concepción.